Дэн, Маручо и Шун попадают в войну между двумя планетами Нифией и Гандэлией. Гандэлия использует бакуганов и людей в войне для того чтобы покорить Нифию. Они объединяют свои усилия с тремя новыми бойцами: принцессой Нифии Фабией, другом Дэна — Джейком и гандэлианцем Рэном, чтобы остановить воинов Гандэлии и боевую дюжину, а также спасти от уничтожения Нифию и возможно Землю.
Боевая дюжина — это организация из шести агентов и остальных высокопоставленных людей. Агенты: Сид Аркейл — стихия Пайрус Мэйсон Браун — стихия Сабтерра Зенет Сурров — стихия Хаос Рэн Кролер — главный агент, стихия Даркус Лена Айсис — стихия Аквос Джесси Гленн — стихия Вентус
Цель Агентов был захват системы «Бакуган Интерспейс», в то время как остальные искали Элемент. Но судьбы Агентов сложились трагически: Сид поплатился жизнью за проигрыш Элемента, но оказалось что он жив, но потом упал со скалы, передав своего бакугана Рену, а Мейсон улетел в разлом межпространственного шторма. Рен перешёл на сторону Нифии. Позже выяснилось, что все агенты и Нурзак живы и тоже перешли на светлую сторону. Остальные члены Боевой Дюжины за исключением Нурзака были убиты.